Kelurahan Bonto Duri berasal frasa dalam bahasa Makassar “Bonto Duri”. “Bonto” yang bermakna tanah yang berbukit dan “Duri” bermakna duri. Bonto Duri awalnya adalah sebuah nama Kampung yang dahulunya merupakan areal atau tanah yang ditumbuhi semak-semak berduri, yaitu tanaman putri malu (bungajabea).

Nama Bonto Duri ini jauh sebelumnya sudah ada pada Kerajaan Gowa pada tahun 1905 sejak masa pemerintahan Imakkulai Karaengta Lembang Parang, Raja Gowa ke-32. Pada masa Kerajaan Gowa Bonto Duri adalah salah satu tempat pemburuan rusa keluarga kerajaan, sampai pada wilayah Gunung Sari lama dan Mangasa. Wilayah perburuan rusa tersebut ditumbuhi oleh semak-semak berduri, sehingga disebutlah Kampung Bonto Duri. Kemudian pada Tahun 2015, Kelurahan Parang Tambung dimekarkan menjadi dua kelurahan, yaitu Kelurahan Parang Tambung dan Kelurahan Bonto Duri.